Né dans une famille de la petite bourgeoisie catholique et d'ancêtres protestants, Gustave Flaubert est le deuxième enfant d’Achille Cléophas Flaubert (1784-1846), chirurgien-chef très occupé à l'Hôtel Dieu (hôpital) de Rouen, et de sa femme Anne Justine Caroline, née Fleuriot (1793-1872).
Il naît le 12 décembre 1821 après une sœur et deux frères décédés en bas âge, et sera délaissé en faveur de son frère aîné, brillant élève admiré par la famille (qui succèdera d'ailleurs à son père comme chirurgien chef de l'Hôtel-Dieu de Rouen). Gustave Flaubert passe une enfance sans joie, marquée par l'environnement sombre de l'appartement de fonction de son père à l'hôpital de Rouen (aujourd'hui musée Flaubert et d'histoire de la médecine), mais adoucie par sa complicité avec sa sœur cadette, Caroline née trois ans après lui .
Adolescent aux exaltations romantiques, il est déjà attiré par l'écriture au cours d'une scolarité vécue sans enthousiasme au Collège royal, puis au lycée de Rouen, à partir de l'année 1832. Il est renvoyé en décembre 1839 pour indiscipline et passe seul le baccalauréat en 1840. Le premier événement notable dans sa jeunesse est sa rencontre à Trouville-sur-Mer, durant l'été 1836, de Élisa Schlésinger qui laissera une profonde empreinte en lui jusqu'à la fin de ses jours. Il transposera d'ailleurs cette passion, avec la charge émotionnelle qu'elle a développée chez lui, dans son roman L'Éducation sentimentale, en particulier dans la page célèbre de « l'apparition » de Madame Arnoux au regard du jeune Frédéric et dans leur dernière rencontre poignante.
Dispensé de service militaire grâce au tirage au sort qui lui est favorable (cela se pratiquait ainsi à l'époque), Flaubert entreprend sans conviction, en 1841, des études de Droit à Paris où il mène une vie agitée. Il y rencontre des personnalités dans les mondes des arts, comme le sculpteur James Pradier, et de la littérature, comme l'écrivain Maxime Du Camp qui deviendra son grand ami, le poète et auteur dramatique Victor Hugo. Il abandonne le droit, qu'il abhorre, en janvier 1844 après une première grave crise d'épilepsie. Il revient à Rouen, avant de s'installer en juin 1844 à Croisset, au bord de la Seine, à quelques kilomètres en aval de Rouen. Il y rédige quelques nouvelles et une première version de L'Éducation sentimentale. En début 1846 meurent à peu de semaines d'intervalle, son père, puis sa jeune sœur (deux mois après son accouchement — Gustave prendra la charge de sa nièce, Caroline). C'est également, au printemps de cette année que commence sa liaison houleuse et intermittente sur une dizaine d'années avec la poétesse Louise Colet. Jusqu'à leur rupture (sa dernière lettre à Louise Colet est datée du 6 mars 1855), il entretiendra avec elle une correspondance considérable dans laquelle il développera son point de vue sur le travail de l'écrivain, les subtilités de la langue française et ses vues sur les rapports entre hommes et femmes. Gustave Flaubert au physique de plus en plus massif est cependant un jeune homme sportif : il pratique la natation, l'escrime, l'équitation, la chasse…
Ses dernières années sont assombries par la disparition de ses amis, les difficultés financières et par des problèmes de santé. Il meurt subitement le 8 mai 1880, à Canteleu, au hameau de Croisset, foudroyé par une hémorragie cérébrale. Son enterrement au cimetière monumental de Rouen se déroule le 11 mai 1880, en présence de nombreux écrivains importants qui le reconnaissent comme leur maître, qu'il s'agisse d'Émile Zola, d'Alphonse Daudet, d'Edmond de Goncourt, de Théodore de Banville ou de Guy de Maupassant, dont il avait encouragé la carrière depuis 1873
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